Analyse génomique de flavobactéries pour le développement d’un traitement alternatif

(projet de maitrise à partir de l’automne 2021 ou l’hiver 2022)

 

Description du projet

Ce projet de maitrise fait partie d’un projet plus vaste s’intitulant « Pour la prévention des infections de poissons au Québec provoquées par les flavobactéries ».

Les bactéries du genre Flavobacterium sont associées à des infections de poissons pouvant causer un taux de mortalité de plus de 70 % dans les stocks de poissons. Au Québec, on retrouve de nombreux cas d’infections provoquées par les flavobactéries et ces infections sont fort probablement sous-diagnostiquées. Les mesures de biosécurité et l’utilisation d’antibiotiques s’avèrent actuellement les seules options pour contrôler les infections et diminuer les pertes économiques. De ce fait, l’apparition d’une résistance à de multiples antibiotiques utilisés pour les traitements a été répertoriée chez cette bactérie et limite par le fait même les outils thérapeutiques disponibles. 

C’est afin de pallier concrètement aux différents problèmes reliés aux infections par les flavobactéries que nous mettons en place un projet de recherche qui vise à constituer et caractériser, tant au niveau génomique que phénotypique, une importante collection de souches de flavobactéries de différentes parties du monde et plus particulièrement du Québec. Cela va impliquer la mise en place, entre autres, du diagnostic des flavobactérioses et l’isolement des souches par Faculté de médecine vétérinaire de l’U. de Montréal en plus de chercher à développer la phagothérapie pour contrer ces infections.

Concrètement, le projet de maitrise aura pour objectif de caractériser la génomique des souches de flavobactéries faisant partie de cette nouvelle collection. Ce projet fera partie des premières briques pour le développement d’une approche diagnostique et aussi pour la mise en place d’un traitement utilisant les bactériophages pour le traitement des flavobactérioses.

Les génomes des flavobactéries peuvent être facilement séquencés avec la technologie Illumina. En utilisant les outils bio-informatiques appropriés et les séquences déjà disponibles dans les bases de données en plus de celles produites par le présent projet, la personne recrutée procédera à l’analyse comparative des génomes pour identifier les gènes spécifiques à chacune des souches de flavobactéries et identifier ceux pouvant être potentiellement impliqués dans la virulence et la résistance aux antibiotiques. Une attention particulière sera portée sur les systèmes anti-phages et sur les îlots de résistance aux bactériophages. Ces informations permettront de faire des prédictions sur le niveau de sensibilité des souches nouvellement isolées face aux phages. Les différences entre les génomes pourraient aussi être plus subtiles, telles que des variations dans les séquences régulant la transcription de certains gènes. Tous ces éléments seront considérés dans l’analyse en plus d’une étude taxonomique approfondie.

 

Début automne 2021 ou hiver 2022 : Le projet peut commencer par un stage de recherche suivi d’une maitrise ou directement par une maitrise après entente entre la/le candidat(e) et l’équipe de recherche.

 

Directeurs de recherche

Antony Vincent et Steve Charette

 

Milieu de recherche

Institut de biologie intégrative et des systèmes

L’IBIS est un institut de recherche par excellence pour acquérir une formation scientifique multidisciplinaire où les chercheurs et chercheuses provenant de quatre facultés (Faculté des Sciences et de Génie, Faculté de foresterie, de géographie et de géomatique, Faculté des sciences de l’agriculture et de l’alimentation, Faculté de médecine) collaborent et partagent les ressources et les connaissances. Leur expertise est reconnue aux niveaux provincial, national et international. Les étudiants peuvent participer à des projets de recherche novateurs dans un environnement favorisant l’apprentissage et la collaboration. http://www.ibis.ulaval.ca

 

Département des sciences animales

Le Département des sciences animales a comme mission d’assurer le leadership québécois dans le domaine des sciences animales. Par la formation de professionnels hautement compétents, il assure la transmission de nouveau savoir et maintient un lien étroit avec les divers intervenants de l’agroalimentaire. Il se donne comme objectif d’être partenaire sur une base internationale au développement afin de répondre aux besoins spécifiques des productions animales.

 

Programmes d’études associés

Maitrise en microbiologie – avec mémoire (concentration en bio-informatique)

La formation proposée à la personne recrutée inclut un apprentissage guidé et adapté des outils bio-informatiques.

 

Profil recherché

Les étudiants de troisième année ayant une formation au baccalauréat dans les domaines suivants sont admissibles

- Microbiologie
- Biochimie

- Bio-informatique

- Biologie

 

Début du projet

- Septembre 2021 ou hiver 2022

 

Rémunération

- 17 000$/an

 

Exigences et conditions

- Bonne maitrise de l'anglais parlé et écrit

- Personne motivée et dynamique 

- Expérience avec l’environnement Linux est un atout

- Expérience en analyse génomique est un atout

 

Documents exigés

- Lettre de motivation 
- Curriculum vitæ 
- Relevé de notes

 

Pour plus d'informations

Antony Vincent                                              Steve Charette
Professeur                                                      Professeur
Département des sciences animales              Dép. de biochimie, de microbiologie et de bio-informatique
antony.vincent@fsaa.ulaval.ca                      steve.charette@bcm.ulaval.ca

                                                                       www.amibe.org